Недавнее обновление в Gentoo для меня было достаточно крупным, так как недели две не обновлял систему. Минорно обновился даже glibc до версии 2.11.3, возможно именно из - за этого полная пересборке мира после обновления завершилась неудачно:

libpixman-1.la: No such file or directory

Мантейнеры Gentoo давно уже предупреждали о том, что с .la файлами могут возникнуть проблемы, так как в данное время идет планомерное их удаление из системы, что может привести к невозможности собрать какой либо пакет. Ранее с такой проблемой я не сталкивался и решить самому не удалось, хотя надо признать решение оказалось довольно простым.
Для решения во - первых нужно собрать пакет:

sudo emerge -avq lafilefixer

после чего запустить исправление .la файлов:

lafilefixer --justfix

Сейчас все пакеты должны нормально собираться,а на будущее запомнить, что все проблемы с .la файлами решаются с помощью lafilefixer.