В пакетном менеджере aptitude есть возможность помечать пакеты меткой "hold". После того, как тот или иной пакет получает такую метку - он перестает обновляться до тех пор, пока она не будет снята. Причины заморозить какие либо пакеты думаю вы найдете сами, это довольно часто требуется, особенно в серверных решениях. Хватит воды - перейдем к делу.

Чтобы увидеть список пакетов, которые сейчас удерживаются пакетным менеджером нужно:

aptitude search "~ahold"

После выполнения команды появится искомый список, который можно подредактировать, а точнее убрать метку.

aptitude unhold php5-fpm

После этого, если требуется обновляемся.

aptitude update && aptitude upgrade