Если у Вас установлен nginx, то для корректной работы с Joomla! потребуется переписать правила rewrite. Не знаю почему Joomla! иногда редиректит в каталоги типа /index.php/poll... , но из - за реального их отсутствия в файловой системе вебсервера nginx выплевывает 404 Not Found. Что Вобщем то оно и понятно. Для того чтобы таких казусов не случалось допишем это правило в свой nginx.conf, или в файл витуального хоста (vhost), лучше всего в корневой локэйшн  

location / { 
if ( !-e $request_filename ) {
           rewrite (/|\.php|\.html|\.htm|\.feed|\.pdf|\.raw|/[^.]*)$ /index.php last;
           break;
}