В пакетном менеджере aptitude есть возможность помечать пакеты меткой «hold». После того, как тот или иной пакет получает такую метку — он перестает обновляться до тех пор, пока она не будет снята. Причины заморозить какие либо пакеты думаю вы найдете сами, это довольно часто требуется, особенно в серверных решениях. Хватит воды — перейдем к делу.
Чтобы увидеть список пакетов, которые сейчас удерживаются пакетным менеджером нужно:
aptitude search "~ahold"
После выполнения команды появится искомый список, который можно подредактировать, а точнее убрать метку.
aptitude unhold php5-fpm
После этого, если требуется обновляемся.
aptitude update && aptitude upgrade